Smällare och andra föremål kastades mot de 200 deltagarna i Split Pride-paraden under lördagen. En stor grupp kravallpoliser skyddade paraden som trots de våldsamma protesterna kunde genomföras.
Media uppger att 100 av motdemonstranterna arresterades och ett dussintal personer skadades lindrigt, bland annat en journalist.
Inför Pride-paraden som bland annat arrangerades av kvinnorörelsen Domnine, manade Kroatiens president Ivo Josipovic till lugn.
– Jag ber Splits invånare, vare sig de ger sitt stöd eller ej till Domine eller andra liknande organisationer, att respektera deras rätt att vara annorlunda och att ingen ens kommer på tanken att tillgripa våld då det skulle sätta Kroatien i en dålig dager.
Kroatien är på väg att bli medlemmar i EU, och måste visa att man klarar att skydda de mänskliga rättigheterna, inkluderat yttrande- och mötesfrihet.